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在流速较慢、水位较深、生态疏浚不便或断头河、黑臭河等水体，通过培养或投加具有特定功能的微生物菌种，可调控水体微生物群落，有效降解污染水体中的沉积物和造成黑臭的有机物质、氨氮等富营养物质，去除黑臭，增强水体自净能力。
微生物强化一般以硝化细菌、反硝化细菌以及有机物降解的光合细菌为主，具体菌种和投放计量还需根据河湖污染情况进行判断。
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